在群体遗传学中，连锁不平衡 Linkage disequilibrium, LD 是指给定种群中不同基因座（位点）上的等位基因之间的非随机关联性。当两个位点的不同等位基因的关联频率高于或低于独立随机关联的条件下的期望频率时，就称两者是连锁不平衡的。对于那些重组后位点或者基因型频率等于预期的，称之为连锁平衡。这些位点可能在同一条染色体上，也可能在不同染色体上。
尽管被称为 连锁不平衡 但是不同位点上不存在遗传连锁的等位基因之间可能存在连锁不平衡，且与等位基因频率是否处于平衡无关（不随时间变化）。此外，连锁不平衡有时被称为配子相不平衡；但该概念同样适用于无性生物，因此不依赖配子的存在。

不同于遗传连锁。
遗传连锁 genetic linkage 或称 基因连锁，是指有性生殖中的减数分裂期在同一染色体上两个位置靠得很近的基因的DNA序列有同时被遗传的倾向。若两个遗传标记所在的基因座相互靠得很近，则在染色体互换过程中它们被分离进入不同染色单体中的可能性较小，并因此得名为遗传“连锁”。换言之，同染色体上的两个基因的距离越近，二者发生基因重组的概率就越低，就越容易被同时遗传。
一般用厘摩（cM）单位来衡量遗传连锁的程度。两个遗传标记之间的距离为1 cM表示每100个减数分裂产物中，两者在1个中分离到了不同的染色体，或者说每50次减数分裂发生1次。

LD Decay计算和作图

使用PopLDdecay
github上开源的自己搜

安装不教，安装有困难后面更困难。
具体用法也可以直接help，贴一点常用的，方便复制粘贴（笑

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# 对于VCF格式，
./bin/PopLDdecay -InVCF SNP.vcf.gz -OutStat LDdecay.stat.gz

# 对于plink格式，
perl bin/mis/plink2genotype.pl -inPED in.ped -inMAP in.map -outGenotype out.genotype

./bin/PopLDdecay -InGenotype out.genotype -OutStat LDdecay.stat.gz

绘图

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# For one Population
perl bin/Plot_OnePop.pl -inFile LDdecay.stat.gz -output Fig