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Plink有plink v1.9和plink v 2.0
大版本不同，用法有点不一样，这里用plink v1.9

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plink --file {plink_file} --make-bed --out {plink_bfile}
plink --bfile {plink_bfile} --recode --out {plink_file}
plink --bfile {plink_bfile} --recode vcf-iid --out {vcf_file}
vcftools --vcf {vcf_file} --plink --out {plink_file}

用于质控的标准统计（Summary Statistics）

基因型缺失

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plink --file data --missing

输出

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plink.imiss # For each individuals
plink.lmiss # For each SNP

等位基因频率（Allele frequency）

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plink --file data --freq

LD过滤

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plink --file data --indep-pairwise 50 5 0.5
plink --file data --extract plink.prune.in --make-bed --out pruneddata